A brit népszavazás, és az azt követő bizonytalanság (Nagy-Britannia mint tagállam és befizető kilépése) alapvetően forgatta fel a tagállamok számára járó források mértékét. A magyar kormány -a népszavazás eredményének hatására – rendkívül felgyorsította a pályázatok elbírálását és a megkötött szerződések kifizetéseit a megvalósítást érintő számlák kapcsán.

Látható, hogy a britek kilépése már a 2014 és 2020 közötti stratégiai fejlesztési időszak kifizetései kapcsán is nehézséget okoz. A magyar kormány fejlesztéspolitikai államtitkára, Csepreghy Nándor elmondta, hogy 2020 után jelentős változások várhatóak a források elosztásában. A brit kilépés hatására a 2020 utáni uniós költségvetési ciklus költségvetési szerkezete, és maga az elosztási mechanizmus is változni fog. A brit kilépés előtt lépett tehát a kormány, és a 2017-es év fő fejlesztéspolitikai célkitűzésévé tette, hogy ebben az évben érje el, lehetőleg haladja meg a százszázalékos kifizetési igénylési mértéket.

Ennek eredményeképpen a 100 százalékos uniós keret, amely 2014 és 2020 között rendelkezésre áll, már felhasználásra, lekötésre került. A pályázati folyamat lényegében befejeződött, jelenleg 104%-on áll az arány. A kormány továbbra is fontos célkitűzése, hogy olyan programok valósuljanak meg az európai uniós forrásokból, amelyek önállóan is megállják majd, támogatások nélkül is a gazdaságélénkítési célt. Az államtitkár elmondta, hogy az idei éves gazdasági növekedés az előrejelzések szerint eléri a 4%-os mértéket. a Miniszterelnökség államtitkára továbbá elmondta, hogy jelentős kihívások állnak Magyarország előtt. A szektorális munkaerőhiány mellett további nehézséget okoz a mikro-, kis- és középvállalkozások hitelhez juttatása, és ezen folyamat gördülékenyebbé tétele. A minél gyorsabb forráskihelyezés ezt lehetővé teszi. Erre a Magyar Fejlesztési Bank által indított kölcsön és hitelkihelyezések is jelentős támogatást adhatnak a folyamatnak. A 2020 utáni időszak kifejezetten bizonytalan, de az Európai Bizottság részéről, továbbá egyes tagállamok irányából is erős elköteleződés mutatkozik a Strukturális és Kohéziós Alapok fenntartása mellett. Az azonban előre látható, hogy ezen források elosztása, illetve a források szerkezete kapcsán az látható, hogy lesznek jelentős változások. A BREXIT esetében volumenében jelentősen nagy az eltérés az Európai Unió által igényelt 60 milliárd euro, és a britek által javasolt 20 milliárd euro között. Ezzel látható, hogy azon tagállamok fognak nehéz helyzetbe kerülni, akik nem állnak jól a számukra rendelkezésre álló keret lehívásával. Alapvetően ez 2014 és 2020 közötti időszakra vetítve egy forrásvesztést jelent a tagállamok és a pályázati pénzek esetében